Η κτηνοτροφία ασκείται σε περίπου 49000 εκμεταλλεύσεις. Εκτρέφονται, κατά προσέγγιση, 66000 βοοειδή, 400000 προβατοειδή, 290000 αιγοειδή, 21000 χοιροειδή, 8000 ιπποειδή και 22000 κουνέλια. Η κτηνοτροφία είναι κυρίως εκτατικής μορφής, και λίγο απέχει από το να χαρακτηρισθεί οικολογική. Ωστόσο υπάρχουν και λίγες μονάδες εντατικής εκτροφής, κυρίως χοιροειδών και βοοειδών.Ο τρόπος άσκησης της κτηνοτροφίας δεν προξενεί σημαντικά προβλήματα στο περιβάλλον. Εξαίρεση αποτελεί η Σαμοθράκη, όπου παρατηρείται δραματική υπερβόσκηση από τα αιγοπρόβατα. Η υπερβόσκηση αποτελεί το σημαντικότερο οικολογικό πρόβλημα της Σαμοθράκης.Υπερβόσκηση από αιγοπρόβατα, επίσης παρατηρείται στο όρος Παπίκιο, στην περιοχή Εχίνου και Κιμμερίων Ξάνθης, καθώς και ορισμένες παραλιακές περιοχές και των τριών νομών.