Ο χώρος της Ελληνικής Θράκης, σε γενικές γραμμές, χωρίζεται σε τρεις ενότητες:Ορεινή περιοχή, που περιλαμβάνει την οροσειρά της Ροδόπης και τις απολήξεις της (Αχλαδόβουνο στην Ξάνθη, Ίσμαρο στη Ροδόπη, όρη του Άβαντα και δασικό συγκρότημα Δαδιάς - Λευκίμμης στον Έβρο).Πεδινή περιοχή, δηλαδή τις πεδιάδες από το Νέστο έως τις Σάπες και το όρος Ίσμαρος, καθώς και την εκτεταμένη πεδιάδα του ποταμού ΈβρουΠαραθαλάσσιες περιοχές, όπου και οι σημαντικότεροι και πλέον γνωστοί υγροβιότοποι.Ξεχωριστή ενότητα αποτελεί η νήσος Σαμοθράκη.Η αλληλοσύνδεση των παραπάνω ενοτήτων είναι δεδομένη και εμφανής σε πολλές περιπτώσεις. Έτσι, για παράδειγμα, από τα μεγάλα σαρκοφάγα θηλαστικά, οι λύκοι, τα τσακάλια και οι αλεπούδες, φωλιάζουν στις ορεινές και ημιορεινές περιοχές, όμως συχνά κατέρχονται, περισσότερο οι αλεπούδες και τα τσακάλια, στις πεδιάδες και τους παραθαλάσσιους βιότοπους για αναζήτηση τροφής. Παρόμοια και περισσότερα παραδείγματα υπάρχουν και στα πτηνά.Η στενή σύνδεση και αλληλεπίδραση των περιοχών των τριών ενοτήτων της Θράκης, ενισχύεται από το γεγονός ότι αυτές απέχουν μεταξύ τους πολύ λίγο. Η Θράκη, είναι η μόνη περιοχή στην Ευρώπη, που σε ευθεία μήκους 30 χλμ μπορείς να συναντήσεις σχεδόν όλους τους τύπους οικοσυστημάτων της νότιας και κεντρικής Ευρώπης: από φρυγανικά έως και υποαλπικά.