Ο κυρίαρχος σχηματισμός του ποταμού περιλαμβάνει μεγάλη ποικιλία βιοτόπων με την επιφάνεια του νερού, τις όχθες και τα νησιά που σχηματίζονται από τις μετακινήσεις της κοίτης του. Στις όχθες και στα πιο σταθερά νησιά εμφανίζονται παραποτάμια δάση σε αρκετά σημεία των οποίων υπάρχουν καρστικές πηγές. Σε άλλα σημεία υψώνονται απότομες χωμάτινες και αμμώδεις όχθες. Στα Κομνηνά συναντάμε γεωργικές εκτάσεις με πεζούλια και φυτοφράκτες. Σε όλο το μήκος των Στενών υπάρχουν βραχώδεις σχηματισμοί μεγάλου ύψους και σπηλιές, ενώ προς τους Μεγάλους Μαιάνδρους υπάρχουν μεγάλες σάρρες. Ο βιότοπος με τη μεγαλύτερη έκταση είναι αυτός των αείφυλλων πλατύφυλλων που περιλαμβάνει εγκαταλειμμένους αγρούς με πεζούλια και βοσκότοπους. Ψηλότερα, στις πλαγιές και τις κορυφές των γύρω υψωμάτων, φύονται δάση οξιάς και δρυός.

Ενδιαφέρον παρουσιάζουν και οι ανθρωπογενείς οικότοποι κυρίως αυτοί που συνδέονται με την σιδηροδρομική γραμμή και τα εγκαταλειμμένα κτίσματα στα χωριά.