Το Δέλτα του Νέστου ανήκει στην Περιφέρεια Ανατολική Μακεδονίας & Θράκης, στους νομούς Καβάλας και Ξάνθης. Συγκεκριμένα οι παρακάτω Δήμοι ή Κοινότητες κατέχουν τμήματα του Δέλτα

ΝΟΜΟΣ ΚΑΒΑΛΑΣ

Χρυσούπολη, Κεραμωτή, Νέα Καρυά, Πηγές, Αγίασμα, Χρυσοχώρι, Ερατεινό, Γραβούνα, Γέροντας, Ξεριάς, Αβραμηλιά, Διαλεκτό, Παράδεισος, Ζαρκαδιά, Πέρνη, Πετροπηγή, Νέα Κόμη, Νέα Καρβάλη

ΝΟΜΟΣ ΞΑΝΘΗΣ

Γαλάνη, Τοξότες, Εύμοιρο, Διομήδεια, Εξοχή, Όλβιο, Εύλαλο, Άβατο, Εράσμιο, Μάγγανα, Μυρωδάτο, Άβδηρα, Μαγικό.

Η κοίτη και οι όχθες του ποταμού μεταξύ των αντιπλημμυρικών αναχωμάτων ανήκει στο Δημόσιο και διαχειρίζεται από το Δασαρχείο Καβάλας.