Στην ευρύτερη περιοχή του δέλτα υπάρχουν αρκετές ποσότητες υπόγειων νερών. Όπου υπάρχουν αποστραγγιστικά κανάλια υπάρχει και ροή του υπόγειου νερού προς τα κανάλια αυτά και διαμέσου αυτών διοχέτευση των γλυκών νερών προς τη θάλασσα. Λόγω της αμμώδους σύστασης του ελευθέρου υδροφόρου ορίζοντα υπάρχει άμεση επικοινωνία των υπόγειων και επιφανειακών νερών καθώς και γρήγορη ανταπόκριση των υπόγειων νερών στις διακυμάνσεις των επιφανειακών.

Το χαμηλό υψόμετρο του εδάφους, οι αντλήσεις των γλυκών νερών για άρδευση, οι οποίες είναι έντονες και σε μεγάλο βάθος, καθώς επίσης το δίκτυο των καναλιών υποβοηθούν την είσοδο του θαλασσινού νερού τόσο επιφανειακά, όσο και υπόγεια.