Γενικά τα νερά του ποταμού Έβρου και του δέλτα ρυπαίνονται από :

Υγρά απόβλητα οικισμών, υγρά απόβλητα βιοτεχνιών - μεταποιητικών επιχειρήσεων, ρύπανση από γεωργικές δραστηριότητες, εισερχόμενη ρύπανση από άλλες χώρες.

Πρέπει να σημειωθεί ότι καθ`όλη τη διάρκεια του έτους ο ποταμός περιέχει νερό βεβαρημένο με απόβλητα τα οποία παράγονται στη γειτονική Βουλγαρία και Τουρκία και καταλήγουν ανεπεξέργαστα και ανέλεγκτα στον ποταμό Έβρο. Επίσης δέχεται γεωργικούς ρύπους από τον νομό Έβρου. Ρυπαντικά φορτία υπάρχουν επίσης στο ίδιο το δέλτα από τις γεωργικές και κτηνοτροφικές δραστηριότητες.

Παράμετροι οι οποίοι εξετάζονται από την Χημική Υπηρεσία Αλεξανδρούπολης του Γενικού Χημείου του Κράτους, είναι: το ph, το COD, BOD₅, η ολική σκληρότητα, η αγωγιμότητα, συγκεντρώσεις σε νιτρικά, νιτρώδη, ολική αμμωνία, ορθοφωσφορικά και θειικά.