Η περιοχή του δέλτα είναι κατ`εξοχήν γεωργική περιοχή και κατέχει το 30% της συνολικής γεωργικής γης του νομού Έβρου. Στο σύνολο σχεδόν της γεωργικής γης του δέλτα καλλιεργούνται αροτραίες καλλιέργειες (98%) με κυρίαρχα είδη τα σιτηρά. Πολύ μικρά ποσοστά έχουν οι δενδρώδεις καλλιέργειες και οι λαχανόκηποι. Αλλες καλλιέργειες είναι τα τεύτλα, ο αραβόσιτος, το βαμβάκι, τα νομευτικά είδη όπως μηδική και τριφύλλι, η βιομηχανική τομάτα, τα μποστάνια και το σπαράγγι. Πολύ μικρή είναι η συμμετοχή του ηλίανθου, σχεδόν έχει εγκαταλειφθεί η καλλιέργεια αυτή στην περιοχή. Παλαιότερα υπήρχε εντατική καλλιέργεια ρυζιού. Σήμερα δεν καλλιεργείται καθόλου, ενώ οι αγροί αυτοί βρίσκονται εγκαταλειμμένοι.

Η οικολογική γεωργία εφαρμόζεται πειραματικά από μεμονωμένους καλλιεργητές ιδιαίτερα στην τομάτα.

Το δέλτα Έβρου ανήκει στο Ελληνικό Δημόσιο, μετά όμως την κατασκευή των αποστραγγιστικών έργων μεγάλο μέρος των εκτάσεων παραχωρήθηκε σε ακτήμονες. Οι καλλιεργούμενες εκτάσεις οι περιλαμβανόμενες στον βιότοπο είναι υπό μορφή οριστικής ή προσωρινής διανομής. Σήμερα οι καλλιέργειες αυτές καταλαμβάνουν 53.000 στρ.

Το αποστραγγιστικό-αρδευτικό δίκτυο αποτελείται από παράλληλες και εγκάρσιες τάφρους και από δύο αντλιοστάσια στράγγισης στο Δυτικό Βραχίονα του ποταμού (Παλιομάριτσα).Για να καλυφθούν οι απαιτήσεις της άρδευσης χρησιμοποιούνται γεωτρήσεις.

Οι απαιτήσεις της γεωργίας για μεγαλύτερη παραγωγή ωθούν τους καλλιεργητές στην χρησιμοποίηση σύγχρονων μηχανημάτων, υπερβολικών ποσοτήτων λιπασμάτων και φυτοφαρμάκων, καθώς επίσης σε πίεση για αύξηση της καλλιεργούμενης γης, που θα σημαίνει ασφαλώς συρρίκνωση του υγροτόπου.