Δύο είδη μεγάλων θηλαστικών εξαφανίστηκαν από την περιοχή τις τελευταίες δεκαετίες, ο Λίγκας (Lynx lynx) και το Τσακάλι (Canis aureus).

Lynx lynx: Σύμφωνα με μαρτυρίες ηλικιωμένων κατοίκων της περιοχής το είδος αυτό εξαφανίστηκε από την περιοχή μετά το 1940. Η τελευταία βεβαιωμένη αναφορά ήταν το 1969 από την περιοχή Γκίμπρενας. Μέχρι τότε ήταν πολύ γνωστό λόγω των επιθέσεων που έκανε στα κοπάδια των αιγοπροβάτων.

(Υπάρχουν κάποιες ενδείξεις στην Προστατευόμενη περιοχή για ύπαρξη Λίγκα το 1996 & 1997, όπως αναφορές τσοπάνων, σκοτωμένα σκυλιά και γρατσουνισμένες αγελάδες, αλλά δεν έχει πιστοποιηθεί η ταυτότητα αυτού του ζώου).

Canis aureus: εξαφανίστηκε από την περιοχή στις αρχές της δεκαετίας του 70. Σύμφωνα με τις πληροφορίες των κατοίκων η κατανομή του κάλυπτε όλη την πεδινή και ημιορεινή περιοχή καθώς και το Δέλτα του Έβρου. Τα αίτια της εξαφάνισής του εκτός της άμεσης εξόντωσης - καθότι είχε χαρακτηριστεί "επιβλαβές"- πρέπει να αναζητηθούν στην αλλαγή των χρήσεων γης και ιδιαίτερα στην εντατικοποίηση των καλλιεργειών στην πεδινή περιοχή που οδήγησε στην καταστροφή των φυτοφραχτών και της παραποτάμιας βλάστησης.

(Ένα σκοτωμένο άτομο Τσακαλιού που βρέθηκε στο Σουφλί τον Ιανουάριο 1997, είναι μια θετική ένδειξη ότι μερικά άτομα από το είδος αυτό μπορεί να επανήλθαν στην περιοχή, από την βασική του εξάπλωση στο Δέλτα Έβρου)