Δεν έχουν πραγματοποιηθεί αναλύσεις ποιότητας νερών του Ερυθροπόταμου. Προβλήματα ρύπανσης ενδέχεται να εμφανίζονται στον ποταμό από τους Μεταξάδες και ανατολικότερα, λόγω της ρύπανσης των νερών από τις γεωργικές καλλιέργειες, ενώ δεν είναι γνωστή και η ρύπανση των παραποτάμων που εκβάλλουν από τη Βουλγαρία στον Ερυθροπόταμο κοντά στους Μεταξάδες.