Δεν είναι γνωστή η ποιότητα των νερών του Άρδα. Γενικά όμως δεν εμφανίζονται σοβαρά προβλήματα ρύπανσης. Σε αυτό συμβάλλει και το αμμώδες υπόστρωμα της κοίτης, που φιλτράρει συνεχώς το νερό.