Ο παρακάτω κατάλογος περιλαμβάνει είδη που σταθερά ή πιθανόν φωλιάζουν στο νησί.

Phalacrocorax aristotelis: Τρωτό είδος σύμφωνα με το "Κόκκινο Βιβλίο των Απειλούμενων Σπονδυλόζωων της Ελλάδας".

Buteo rufinus: Σπάνιο είδος σύμφωνα με το "Κόκκινο Βιβλίο των Απειλούμενων Σπονδυλόζωων της Ελλάδας". Δεν έχει εξακριβωθεί ότι αναπαράγεται στη Σαμοθράκη.

Hieraaetus fasciatus: Τρωτό είδος σύμφωνα με το "Κόκκινο Βιβλίο των Απειλούμενων Σπονδυλόζωων της Ελλάδας".

Himantopus himantopus: Τρωτό είδος σύμφωνα με το "Κόκκινο Βιβλίο των Απειλούμενων Σπονδυλόζωων της Ελλάδας".

Oenanthe isabellina: Σπάνιο είδος σύμφωνα με το "Κόκκινο Βιβλίο των Απειλούμενων Σπονδυλόζωων της Ελλάδας".