Martes foina: Ο πληθυσμός του είναι άγνωστος, αλλά σίγουρα είναι αρκετά μεγάλος σύμφωνα με τις αναφορές των κατοίκων, καθώς και με τα ίχνη και τα περιττώματα που υπάρχουν σε πολλές περιοχές στο νησί. Το καλοκαίρι του 1995 έχει καταγραφτεί ένα νεκρό άτομο σε δρόμο, κοντά σε αγροτικές καλλιέργειες.

Monachus monachus: Δεν είναι γνωστό, αν το είδος αναπαράγεται στο νησί. Ωστόσο, υπάρχουν διαθέσιμες σπηλιές, κατάλληλες για φώλιασμα του είδους, στις απόκρημνες νότιες ακτές του νησιού. Στο διάστημα 1993-1995 συλλέχθηκε πληροφορία ηθελημένης θανάτωσης φώκιας. Όσον αφορά στον πληθυσμό του Βόρειου Αιγαίου, τα στοιχεία που έως τώρα έχουν συλλεχτεί δείχνουν, ότι ο πληθυσμός της φώκιας έχει μειωθεί σημαντικά τα τελευταία χρόνια.

Capra aegagrus: Εκτιμάται, ότι δεν υπάρχει πλέον καθαρή φυλή αγριοκάτσικου στη Σαμοθράκη, λόγω της επιμειξίας με τα ήμερα κατσίκια. Σήμερα, τα ελευθέρας βοσκής κατσίκια ζουν σε όλα τα μέρη του νησιού, ακόμα και στα πιο απόκρημνα σημεία, έχοντας αποκτήσει πλέον την συμπεριφορά του αγριοκάτσικου.