Η Ελληνική Θράκη έχει έκταση μόλις 8578 τ.χ. Στα βόρεια υψώνεται η οροσειρά της Ροδόπης η οποία στα ανατολικά όρια της, στο νομό Έβρου, απολήγει σε ημιορεινές και λοφώδεις εκτάσεις. Στα νότια απλώνονται πεδιάδες που καταλήγουν στο Θρακικό πέλαγος. Εκτεταμένη πεδιάδα απλώνεται και στο νομό Έβρου, από το βορρά έως το νότο, παράλληλα με τον ποταμό Έβρο. Δύο μεγάλα ποτάμια ποτίζουν τη Θρακική γη: ο Νέστος δυτικά και ο Έβρος ανατολικά που πηγάζουν από τη βόρεια Θράκη και σχηματίζουν μεγάλα Δέλτα που είναι πλούσιοι και σημαντικότατοι υγροβιότοποι Διεθνούς Σημασίας. Εκτός από αυτά, μικρότερα ποτάμια που διασχίζουν την περιοχή, είναι ο Κόσυνθος στο νομό Ξάνθης, ο Κομψάτος στα σύνορα των νομών Ξάνθης και Ροδόπης, ο Φιλιούρης και ο Βοσβόζης στο νομό Ροδόπης. Στα παράλια υπάρχουν εκτεταμένοι υφάλμυροι υγρότοποι. Οι κυριότερες λιμνοθάλασσες είναι το Λάγος, η Λάφρη, η Λαφρούδα, η Ξηρολίμνη, Η Καρατζά, η Μέση, η Πτελέα, το Έλος και η Λίμνη. Βόρεια από το χωριό Λάγος βρίσκεται η Βιστονίδα, μία από τις μεγαλύτερες λίμνες της Ελλάδας, με υφάλμυρο νερό στο μεγαλύτερο μέρος της. Ανατολικά βρίσκεται η λίμνη Ισμαρίδα (Μητρικού).