Η περιοχή του Πόρτο Λάγος είναι διεθνούς σημασίας, πριν απ' όλα λόγω της πλούσιας ορνιθοπανίδας. Περιλαμβάνεται στον κατάλογο περιοχών της Σύμβασης Ramsar. Η σπουδαιότητά της έχει αναγνωριστεί από την IUCN και άλλες διεθνείς οργανώσεις. Είναι πολύ σημαντική, τόσο για τα υδρόβια πτηνά, όσο και για τα αρπακτικά που φωλιάζουν μέσα κι έξω από την περιοχή της λίμνης.

Εδώ ξεχειμωνιάζουν πελεκάνοι, φλαμίγκος, πυγμαίοι κορμοράνοι, πάπιες. Η περιοχή αποτελεί ενδιάμεσο σταθμό στα ταξίδια πολλών αποδημητικών πτηνών. Είναι η δεύτερη σε σημασία περιοχή στην Ελλάδα ως σταθμός κατά τη μετανάστευση και διαχείμαση των αργυροπελεκάνων.

Συνολικά, στην έκταση του Πόρτο Λάγος έχουν παρατηρηθεί 262 είδη πτηνών. Στην περιοχή έχουν παρατηρηθεί 9 απειλούμενα είδη παγκοσμίως. Συγκεκριμένα αυτά είναι ο Αργυροπελεκάνος (Pelecanus crispus),η Νανόχηνα (Anser erythropus), η Κοκκινόχηνα (Branta ruficollis),η Βαλτόπαπια (Aythya nyroca),το Κεφαλούδι (Oxyura leucocephala),ο Στικταετός (Aquila clanga),ο Βασιλαετός (Aquila heliaca), το Κιρκινέζι (Falco naumanni),η Λεπτομύτα (Numenius tenuirostris) και 12 κινδυνεύοντα σε ευρωπαϊκό επίπεδο.

Στο λιμάνι του Πόρτο Λάγος υπάρχει επιπλέον πολύ μεγάλη αποικία ερωδιών. Εδώ έχουν φωλιάσει κυρίως Σταχτοτσικνιάδες (Ardea cinerea), Λευκοτσικνιάδες (Egretta garzetta) και Κρυπτοτσικνιάδες (Ardeola ralloides) αλλά και Νανόμπουφοι (Asio otus) ενώ επιπλέον το χειμώνα κουρνιάζουν τις νύχτες Αργυροτσικνιάδες (Egretta alba) και Λαγγόνες( Phalacrocorax pygmaeus).