1. Δημοτική Βιβλιοθήκη: Ν. Τσανακλή 15 Τηλ. 0531- 22589. Είναι δανειστική με 12.500 τόμους περίπου. Λειτουργεί καθημερινά 7.00-14.30 και 17.00-20.00 εκτός Τετάρτης. Κατά τους καλοκαιρινούς μήνες λειτουργεί μόνο πρωί 7.00-14.30.
2. Βιβλιοθήκη Κέντρου Θρακικών Μελετών: Αγίου Γεωργίου 42 Τηλ. 0531- 27344 και 25975. Διαθέτει βιβλία κυρίως ιστορικού και λαογραφικού περιεχομένου. Δεν είναι δανειστική.
3. Βιβλιοθήκη Νομικής Σχολής Δ.Π.Θ.: Παν. Τσαλδάρη 1 Τηλ. 0531- 24143. Περιέχει κυρίως νομικά βιβλία και ορισμένα γενικότερου ενδιαφέροντος. Είναι δανειστική μόνο για φοιτητές.
4. Εκκλησιαστική Βιβλιοθήκη: Στεγάζεται στο Πνευματικό Κέντρο της Ιεράς Μητρόπολης Ν. Τσανακλή 12. Περιλαμβάνει 6.000 περίπου τόμους κυρίως εκκλησιαστικού, θεολογικού και ιστορικού περιεχομένου. Επισκέψεις κατόπιν συνεννοήσεως με την Ι. Μητρόπολη τηλ. 0531- 22642
5. Θεατρική Βιβλιοθήκη του ΔΗ.ΠΕ.ΘΕ. Κομοτηνής. Στεγάζεται στα Γραφεία του Θεάτρου στην οδό Γ. Κονδύλη 30 Τηλ. 0531- 27484, 25970, 37770. Περιλαμβάνει περίπου 500 θεατρικά έργα αλλά και μελέτες γύρω από το Θέατρο. Είναι δανειστική. Ώρες λειτουργίας καθημερινά 9.00-14.00

Επίσης στην πόλη λειτουργούν βιβλιοθήκες του ΤΕΦΑΑ και του Τμήματος Ιστορίας και Εθνολογίας του Δημοκρίτειου Πανεπιστημίου Θράκης.