Στην παράλια περιοχή μεταξύ της λίμνης Βιστονίδας, από τη μια, και των εκβολών της λίμνης Μητρικού και του ποταμού Φιλιούρη, από την άλλη, σχηματίζονται μια σειρά από μικρές και μεγάλες λιμνοθάλασσες. Οι μεγαλύτερες και σπουδαιότερες από αυτές είναι η Ξηρολίμνη στο χωριό Φανάρι, η Αρωγή στο ομώνυμο χωριό, η Αλυκή στο χωριό Μέση, η Πτελέα και το Έλος στο ακρωτήριο Κουρουσμηλού.

Η περιοχή διαθέτει ποικιλία βιοτόπων. Παρατηρούμε πεδιάδες, αλμυρόβαλτους, λιμνοθάλασσες, αμμώδεις και βραχώδεις ακτές. Σε ορισμένες παραλίες έχουν γίνει εκτεταμένες αναδασώσεις με διάφορα είδη πεύκων. Στην παραλία του Ιμέρου έχουν φυτευτεί πολλά Αρμυρίκια (Tamarix sp.) και Τζιτζιφιές. Υπάρχουν επίσης εκτάσεις με φρύγανα, που βοσκούνται εντατικά.

Λόγω της εντατικής καλλιέργειας και της βόσκησης, μόνο στις παρυφές των δρόμων ή σε περιφραγμένες και απόκρημνες τοποθεσίες, μπορεί να δει κανείς κάποια ενδιαφέροντα φυτά, όπως για παράδειγμα στα βράχια της παραλίας Φαναρίου ή στο χώρο του κάμπινγκ στο Φανάρι.

Στις λιμνοθάλασσες του νομού Ροδόπης συναντούμε 171 είδη πουλιών, ανάμεσα στα οποία πολλά είναι απειλούμενα σε εθνικό ή διεθνές επίπεδο. Πέντε από αυτά τα είδη απειλούνται παγκοσμίως. Συγκεκριμένα, είναι ο Αργυροπελεκάνος (Pelecanus crispus), η Νανόχηνα (Anser erythropus), η Κοκκινόχηνα (Branta ruficollis), η Βαλτόπαπια (Aythya nyroca), το Κεφαλούδι (Oxyura leucocephala) και 7 χαρακτηρίζονται σαν κινδυνεύοντα σε ευρωπαϊκό επίπεδο.

Επίσης, 45 είδη πουλιών περιλαμβάνονται στο <<Κόκκινο Βιβλίο των Απειλούμενων Σπονδυλόζωων της Ελλάδας>>, από τα οποία 15 κινδυνεύουν με εξαφάνιση, 14 είναι τρωτά και 3 είναι σπάνια. Πενήντα έξι είδη περιλαμβάνονται στο Παράρτημα Ι της οδηγίας για τα πουλιά της Ευρωπαϊκής Ένωσης (79/ 409). Για όλους αυτούς τους λόγους, οι υγρότοποι της περιοχής προστατεύονται με τη Σύμβαση Ramsar, ως διεθνούς σημασίας βιότοποι για τα υδρόβια πτηνά.