Τα τοπία που συναντούμε στη βόρεια και νότια πλευρά της Σαμοθράκης παρουσιάζουν μια εντυπωσιακή διαφορά, που χαρίζει στο νησί σημαντική και μοναδική οικολογική αξία. Στη νότια πλευρά κυριαρχούν οι γυμνές πλαγιές του βουνού, οι αραιοί θαμνότοποι, οι ελαιώνες και τα σιταροχώραφα.

Στη βόρεια αντίθετα, δεσπόζουν οι καταπράσινες πλαγιές, τα δάση με τις βελανιδιές, τα παραποτάμια δάση με τα πλατάνια και τα σκλήθρα, οι πυκνοί θαμνότοποι που φθάνουν ως τις ακτές και τα εντυπωσιακά ρέματα με τους καταρράκτες. Η ενδημικότητα πολλών φυτών αυξάνει τη σπουδαιότητα της φύσης στο νησί.

Το νησί αποτελεί την άνοιξη και το φθινόπωρο ένα σπουδαίο σταθμό για ξεκούραση και τροφή των αποδημητικών πτηνών, καθώς βρίσκεται κοντά στα στενά του Βοσπόρου το ανατολικότερο μεταναστευτικό διάδρομο της Ευρώπης.

Η Σαμοθράκη δέχεται πολλές χιλιάδες επισκεπτών αλλά για ένα σύντομο χρονικό διάστημα του καλοκαιριού (ένα - ενάμισι μήνα). Πόλοι έλξης αποτελούν οι φυσικές ομορφιές, οι θερμές ιαματικές πηγές της και η θάλασσα.