Η παράδοση αναφέρει ότι το νησί έχει 999 εκκλησίες και ξωκκλήσια. Μερικά από αυτά έχουν ιδιαίτερη αξία και προσελκύουν το ενδιαφέρον των επισκεπτών. Χαρακτηριστικά αναφέρουμε τις εξής εκκλησίες:

• Κοίμηση της Θεοτόκου στη Χώρα όπου φυλάσσονται οι κάρες των πέντε Νεομαρτύρων και εικόνα της Παναγίας. Χτίστηκε το 1875.
• Παλαιοχριστιανική Βασιλική στην Παλαιάπολη που αποκαλύφθηκε το 1938. Σύμφωνα με την παράδοση χτίστηκε σε ανάμνηση του σταθμού που έκανε εκεί ο Απόστολος Παύλος στη διάρκεια του ταξιδιού του προς την Νεάπολη.
• Μετόχι Αγίου Αθανασίου στα Αλώνια. Χτίστηκε το έτος 1784 και αποτελεί μετόχι της Μονής Ιβήρων του Αγίου Όρους.
• Παναγία της Κρημνιώτισσας.
• Παναγία στην Καμαριώτισσα όπου φυλάσσεται η ομώνυμη εικόνα της "Παναγίας της Καμαριώτισσας".
• Μαντάλ' Παναγιά που βρίσκεται 3 χλμ. από τον Προφήτη Ηλία.
• Παναγιά η Παραλιώτισσα στα Θερμά.
• Υπαπαντής - Πουρνιά.
• Άγιος Κωνσταντίνος - Αγία Ελένη στον Φονιά.
• Παναγία η Γαλατιανή - Άγιος Ιωάννης στους Κάτω Καρυώτες.