Το νησί Σαμοθράκη βρίσκεται στο βόρειο-ανατολικό άκρο της Ελλάδας, στο μέσο του Θρακικού πελάγους. Νησί του Αρχιπελάγους του Αιγαίου και νησί της Μεσογείου, αποτελεί ένα από τα σπάνια δείγματα νησιωτικής φυσικής ομορφιάς. Ο επιβλητικός όγκος του όρους Σάος, με τις γυμνές κορυφές, υψώνεται κάθετα από τη θάλασσα φτάνοντας στα 1.611 μ. στη κορυφή Φεγγάρι. Βαθιές χαράδρες σχίζουν τις ορεινές πλαγιές μέσα από ένα πυκνό δίκτυο μικρών και μεγάλων ρεμάτων. Το απότομο ανάγλυφο ομαλοποιείται κάτω από τα 200 μ. με ήπιες κλίσεις στην πεδινή ζώνη. Χαμηλοί λόφοι παρεμβάλλονται στην πεδινή ζώνη και πολλές φορές απολήγουν στη θάλασσα. Η παράκτια ζώνη αποτελείται περιμετρικά από πετρώδεις παραλίες εκτός από το νότιο τμήμα μεταξύ των ακρωτηρίων Μαλαθρία και Κήπου, όπου κυριαρχούν οι άβατοι πανύψηλοι γκρεμοί. Οι αμμώδεις παραλίες είναι μικρές και περιορισμένες στο νότιο-ανατολικό άκρο του νησιού.

Τα τοπία που κυριαρχούν στη βόρεια και νότια πλευρά του νησιού παρουσιάζουν μια εντυπωσιακή διαφορά. Οι γυμνές πλαγιές του βουνού, οι αραιοί θαμνότοποι, οι ελαιώνες και τα σιταροχώραφα της νότιας πλευράς εναλλάσσονται με τις καταπράσινες πλαγιές, τα δάση και τους πυκνούς θαμνότοπους που φθάνουν ως τις ακτές και τα εντυπωσιακά ρέματα με τους καταρράκτες της βόρειας πλευράς. Η συνολική έκταση του νησιού είναι 178.000 στρέμματα εκ των οποίων, τα 95.500 στρέμματα αποτελούν τον ορεινό όγκο του νησιού, ενώ τα υπόλοιπα 82.500 στρέμματα περιλαμβάνουν την πεδινή και παράκτια ζώνη. Η συνολική περίμετρος του νησιού φθάνει τα 59 χιλιόμετρα εκ των οποίων, τα 11 χιλιόμετρα αντιστοιχούν στις νότιες απότομες κρημνώδεις ακτές.