Η υδρόβια βλάστηση, η οποία αναπτύσσεται στα υφάλμυρα νερά των λιμνοθαλασσών και στα κανάλια γλυκού νερού, αποτελεί ένα σημαντικό στοιχείο του υγροτόπου για την πανίδα, και ιδιαίτερα την ορνιθοπανίδα, της περιοχής, παρά τον περιορισμό της έκτασης σε σχέση με αυτήν που κατείχε παλαιότερα. Ολα τα υδρόφιλα και υγροτοπικά φυτικά είδη που αναπτύσσονται εδώ αποτελούν πολύτιμο φυσικό πόρο. Οι πολυάριθμες προσαρμογές τους για τη διαβίωση στους ποικίλους και μεταβαλλόμενους βιοτόπους των νερών, η μεγάλη ποικιλότητα ως προς τον τρόπο που αυξάνουν, η ποικιλότητα των βιοτικών μορφών τους, καθιστούν τα είδη αυτά ένα τεράστιο απόθεμα γονιδίων και γενετικής πληροφορίας.

Η διάταξη των φυτών αυτών σε διάφορα επίπεδα, η δομή και η αρχιτεκτονική των φυτοκοινωνιών τους, κάνουν τους βιοτόπους της υγρόφιλης βλάστησης σημαντικούς και απαραίτητους για πολλά είδη αμφιβίων,πουλιών και θηλαστικών καθώς τα είδη αυτά χρειάζονται περισσότερους του ενός τύπου βλάστησης για τις ποικίλες βιολογικές λειτουργίες τους.

Βλάστηση των λιμνοθαλασσών και των γλυκών νερών.

Στα υφάλμυρα νερά των λιμνοθαλασσών, στα κανάλια γλυκού νερού, καθώς και σε όλες τις υδάτινες λεκάνες κατά μήκος του ποταμού Έβρου, αναπτύσσεται η σημαντικότερη βλάστηση του υγροτόπου.

Η υδρόβια βλάστηση μπορεί ανάλογα με τις ειδικές προσαρμογές των φυτικών ειδών να διακριθεί σε τρεις ενότητες:

α) Η βλάστηση που αποτελείται από τελείως βυθισμένα υδρόβια φυτά και σχηματίζει υποβρύχιους λειμώνες στις υδάτινες λεκάνες και στα κανάλια. Τα κυριότερα είδη που συμμετέχουν στη σύνθεση της μονάδας αυτής είναι : Myriophyllum spicatum, Ceratophyllum sp., Chara sp.

β) Η βλάστηση που αποτελείται από ριζωμένα ή μη στον πυθμένα είδη, με επιπλέοντα φύλλα ή άνθη στην επιφάνεια των νερών. Αυτός ο τύπος βλάστησης αναπτύσσεται σε πιο ρηχά νερά και αποτελείται από τα είδη Nymphaea alba (Νούφαρο),Ranunculus fluitans (Βατράχι),Lemma minor (Φακή του νερού),Τrapa natans (Νεροκάστανο), Potamogeton pectinatus, Potamogeton crispus κ.ά.

γ) Η βλάστηση που χαρακτηρίζεται από φυτοκοινωνίες ελοφύτων

(καλαμώνες) και αποτελείται κυρίως από ημιβυθισμένα είδη

όπως : Phragmites australlis (Aγριοκάλαμο),Typha angustifolia (Ψάθα),Typha latifolia (Ψαθί),Schoenoplectus lacustris, Butomus umbellatus κ.ά.

Η βλάστηση αυτή των καλαμώνων η οποία παίζει σημαντικό ρόλο για την ορνιθοπανίδα της περιοχής, είναι δυνατόν να διακριθεί σε τρεις φυτοκοινωνίες:

i) στα ρηχά νερά των λιμνοθαλασσών και κυρίως στις όχθες εκεί όπου επικρατούν υφάλμυρα περιβάλλοντα και μάλιστα στις θέσεις επαφής του αλμυρού και γλυκού νερού όπου επικρατεί αστάθεια ως προς την αλατότητα, απαντά η φυτοκοινωνία Bolboschoenetum (Scirpetum) maritimi με αντιπροσωπευτικά είδη τα : Scirpus tabernaemontani, Phragmites australis κ.ά.

ii) στα γλυκά νερά των καναλιών και των εκτεταμένων υδάτινων λεκανών κατά μήκος του ποταμού Έβρου κυριαρχεί το είδος Phragmites australis που σχηματίζει εντυπωσιακούς καλαμώνες.

Οι καλαμώνες του δέλτα Έβρου είναι οι σημαντικότεροι εναπομείναντες στην Ελλάδα μετά τις καταστροφές που έχουν υποστεί σε πανελλαδική κλίμακα.

iii) σε μικρές και κλειστές υδάτινες λεκάνες με ρηχά νερά, αναπτύσσεται η φυτοκοινωνία Scirpeto - Phragmitetum. Tα είδη που συμμετέχουν είναι: Phragmites australis, Typha angustifolia, Typha latifolia, Butomus umbellatus, Schoenoplectus lacustris, Oenanthe aquatica, Scirpus maritimus.

Στα αλμυρά και υφάλμυρα νερά, αναπτύσσονται υποθαλάσσια και σχηματίζουν πυκνούς υποβρύχιους τάπητες, τα φανερόγαμα είδη Zostera nana και Ruppia maritima.Τα φύλλα των ειδών αυτών αποκόπτονται με τον κυματισμό σε μεγάλες ποσότητες και εναποτίθενται στις όχθες όπου σαπίζουν και σχηματίζουν βιότοπο πλούσιο σε νιτρικά άλατα.

Στις περιοχές γύρω από τα νησάκια Καραβιού Ξηράδι και Ασάνης υπάρχουν εκτάσεις που καλύπτονται από μεγάλους πληθυσμούς φυκών. Τα νερά αυτά χρήζουν ιδιαίτερης προσοχής καθώς εμφανίζουν το φαινόμενο του ευτροφισμού.