Οι θαμνότοποι με αείφυλλα σκληρόφυλλα πλατύφυλλα είδη καταλαμβάνουν την μεγαλύτερη έκταση του νησιού. Χαρακτηρίζονται από την μεγάλη πυκνότητα των θάμνων στις βόρειες εκθέσεις που τους καθιστά πολλές φορές αδιαπέρατους σε αντίθεση με την αραιή εμφάνιση των θάμνων στις νότιες εκθέσεις. Κυριότερα είδη είναι η Κουμαριά (Arbutus unedo), το φυλλίκι (Phillyrea latifolia), η Μυρτιά (Myrtus communis) κλπ.

Τα εναπομείναντα δρυοδάση εμφανίζονται στη βορεινή πλευρά και αποτελούν ένα δείγμα των εκτεταμένων αιωνόβιων βελανιδιών που καταλάμβαναν την μεγαλύτερη έκταση του νησιού. Κυριαρχούν τα είδη Quercus frainetto, Quercus pubescens και Quercus dalechampii.

Η ρεματική βλάστηση είναι πλούσια και δημιουργεί μια ζώνη ξεχωριστού ενδιαφέροντος και φυσικής ομορφιάς για το νησί. Αιωνόβια δένδρα στηρίζουν με τις ρίζες τους τα βραχώδη πρανή των ρεμάτων και συγκρατούν τις πέτρες που μεταφέρουν οι ορμητικοί χείμαρροι. Πλάτανοι (Platanus orientalis), σκλήθρα (Alnus glutinosa) και καστανιές (Castanea sativa) δημιουργούν με τη σκιά τους κρυφούς παράδεισους που μόνον πλησιάζοντας γίνονται αντιληπτοί. Η ρεματική βλάστηση αναπτύσσεται στη κοίτη των ρεμάτων και ελάχιστα εξαπλώνεται εκατέρωθεν της κοίτης, όπου το έδαφος καταλαμβάνεται από τους αείφυλλους θάμνους. Ιδιαίτερο χαρακτηριστικό της Σαμοθράκης αποτελούν τα πλατάνια και τα σκλήθρα που αναπτύσσονται έως και τις εκβολές των ρεμάτων στη θάλασσα, βρίσκοντας με τις ρίζες τους κάποιες φλέβες γλυκού νερού.

Ιδιαίτερο οικολογικό και βοτανολογικό ενδιαφέρον παρουσιάζει η ύπαρξη ειδών, όπως ο Ίταμος (Taxus baccata) που σπάνια εμφανίζεται στα νησιά. Επίσης, υπεραιωνόβιοι θάμνοι από Αγριοκυπάρισσα (Juniperus excelsa) και Βουνοκυπάρισσα (Juniperus foetidissima) εμφανίζονται διάσπαρτοι σε διάφορα υψόμετρα (100- 900 μ.)

Φυσικό πευκοδάσος έχει εντοπιστεί στην περιοχή των Κήπων και τεχνητό πευκοδάσος αποτελεί το προστατευτικό δάσος γύρω από την Χώρα Σαμοθράκης.