Στον παραλιακό χώρο μεταξύ της λίμνης Βιστονίδας, από τη μία, και των εκβολών της λίμνης Μητρικού και του ποταμού Φιλιούρη, από την άλλη, σχηματίζονται μια σειρά από μικρές και μεγάλες λιμνοθάλασσες. Οι μεγαλύτερες και σπουδαιότερες από αυτές είναι οι: Ξηρολίμνη (στο χωριό Φανάρι), Καρατζά ή Αρωγή (στο χωριό Αρωγή), η Αλυκή ή Μέση (στο χωριό Μέση), η Πτελέα και το Έλος (στο ακρωτήριο Κουρουσμηλού).

Η περιοχή διαθέτει ποικιλία βιοτόπων: πεδινές εκτάσεις, αλμυρόβαλτους, λιμνοθάλασσες, αμμώδεις και βραχώδεις ακτές. Σε ορισμένες παραλίες έχουν γίνει εκτεταμένες αναδασώσεις με Pinus pinea, P. halepensis και P. pinaster ssp. atlantica, και σε μικρότερο βαθμό με άλλα δένδρα. Στην παραλία του Ιμέρου έχουν φυτευτεί πολλά αρμυρίκια (Tamarix sp.) και Τζιτζιφιές. Λόγω της εντατικής καλλιέργειας και της βόσκησης, η άγρια χλωρίδα έχει υποστεί μεγάλες καταστροφές και μόνο στις παρυφές των δρόμων ή σε περιφραγμένες και απόκρημνες τοποθεσίες μπορεί να δει κανείς κάποια ενδιαφέροντα φυτά, όπως για παράδειγμα στα βράχια της παραλίας Φαναρίου ή στο χώρο του κάμπινγκ, στο Φανάρι. Γύρω από τον Ίμερο, υπάρχουν επίσης εκτάσεις με φρύγανα, που βοσκούνται εντατικά.

Οι υγροβιότοποι: λιμνοθάλασσες Κεραμωτής, Δέλτα Νέστου, οι παράλιες περιοχές Εράσμιου - Μαγγάνων - Μυρωδάτου - Αβδήρων - Μάνδρας, οι λιμνοθάλασσες Λάφρη και Λαφρούδα, η λίμνη Βιστονίδα, οι λιμνοθάλασσες Ξηρολίμνη - Καρατζά (Αρωγή) - Αλυκή (Μέση) - Πτελέα - Έλος, μαζί με τη λίμνη Ισμαρίδα(Μητρικού) και τις εκβολές του ποταμού Φιλιούρη αποτελούν ένα σύνολο αλληλοεξαρτώμενων υγροτόπων με τέτοια πλούσια χλωρίδα και πανίδα που τους αναδεικνύει σε Διεθνούς Σημασίας βιότοπους