Διοικητικά οι λιμνοθάλασσες ανήκουν στο νομό Ροδόπης. Ειδικότερα οι λιμνοθάλασσες Έλους, Πτελέας, Αλυκής και Καρατζά ανήκουν στην κοινότητα Μέσης, ενώ η Ξηρολίμνη στην κοινότητα Φαναρίου.