Το νησί Σαμοθράκη ανήκει στο Νομό Έβρου και διοικητικά υπάγεται στη Νομαρχία Έβρου. Η πρωτεύουσα του νησιού είναι η Χώρα Σαμοθράκης, όπου εδράζεται ο Δήμος Σαμοθράκης, στον οποίο υπάγονται οι δεκατρείς μικροί και μεγάλοι οικισμοί της Σαμοθράκης.