Το Άνω και Κάτω Καρυόφυτο βρίσκεται στο νομό Ξάνθης, 15χλμ. περίπου βόρεια της Σταυρούπολης και της κοιλάδας του ποταμού Νέστου και σε απόσταση 31χλμ. περίπου από την πόλη της Ξάνθης.