Τα Στενά του Νέστου είναι μια πλούσια από ορνιθολογικής απόψεως περιοχή. Για αυτό το λόγο έχει χαρακτηρισθεί σαν Σημαντική Περιοχή για τα Πουλιά και παρακολουθείται σταθερά από την Ελληνική Ορνιθολογική Εταιρεία.

Στα Στενά του Νέστου έχουν παρατηρηθεί 213 είδη πουλιών, πολλά από τα οποία είναι απειλούμενα σε εθνικό ή διεθνές επίπεδο. Έχουν παρατηρηθεί 3 παγκοσμίως απειλούμενα είδη (Βασιλαετός Aquila heliaca, Στικταετός Aquila clanga και Κιρκινέζι Falco naumanni) και 8 κινδυνεύοντα σε ευρωπαϊκό επίπεδο. Σε εθνικό επίπεδο, 41 είδη περιλαμβάνονται στο "Κόκκινο Βιβλίο των Απειλούμενων Σπονδυλόζωων της Ελλάδας" από τα οποία 9 κινδυνεύουν με εξαφάνιση, 12 είναι τρωτά και 5 σπάνια. 59 περιλαμβάνονται στο Παράρτημα Ι της οδηγίας 79/409/ΕΟΚ.

Η ένταση των ανθρώπινων δραστηριοτήτων τα τελευταία χρόνια στην ευρύτερη περιοχή αλλά και στην κοίτη του ποταμού υποβαθμίζει την ορνιθολογική της αξία.