Οι παραποτάμιοι βιότοποι είναι οι σημαντικότεροι των Στενών, καθώς σε αυτούς έχουν παρατηρηθεί 151 από τα 213 είδη που εμφανίζονται στην περιοχή. Παραποτάμια δάση με καρστικές πηγές, αμμώδεις όχθες (επίπεδες και κάθετες), καθώς επίσης νησιά, συνθέτουν το τοπίο αυτό. Μερικά από τα είδη που φωλιάζουν είναι ο Σταχτοτσικνιάς Ardea cinerea, το Διπλοσάινο Accipiter gentilis, το Σαΐνι Accipiter brevipes, ο Κραυγαετός Aquila pomarina, το Δενδρογέρακο Falco subbuteo, η Πετροτριλίδα Burhinus oedicnemus, ο Ποταμοσφυριχτής Charadrius dubius, το Ποταμογλάρονο Sterna hirundo, η Κουκουβάγια Athene noctua και η Αλκυόνη Alcedo atthis. Στα παραποτάμια δάση εμφανίζεται μια σημαντική σε Ευρωπαϊκό επίπεδο κοινωνία δρυοκολαπτών αποτελούμενη από την Παρδαλοτσικλιτάρα Dendrocopos major, την Βαλκανοτσικλιτάρα Dendrocopos syriacus, τη Νανοτσικλιτάρα Dendrocopos minor, τη Μεσοτσικλιτάρα Dendrocopos medius και το Δρυοκολάπτης Picus viridis.

Στην παραποτάμια περιοχή απαντά και ο Θαλασσαετός Haliaetus albicilla.

Τα ορεινά δάση οξιάς και δρυός βρίσκονται στη ζώνη προστασίας των Στενών και εμφανίζουν μεγάλη ποικιλότητα σε στρουθιόμορφα. Σ' αυτά φωλιάζουν το Διπλοσάινο Accipiter gentilis, το Τσιχλογέρακο Accipiter nisus, ο Χουχουριστής Strix aluco και ο Νανόμπουφος Asio otus.