Στις λιμνοθάλασσες του Νομού Ροδόπης έχουν παρατηρηθεί 171 είδη πουλιών, ανάμεσα στα οποία πολλά είναι απειλούμενα σε εθνικό ή διεθνές επίπεδο. Οι υγρότοποι περιλαμβάνονται στον κατάλογο των Υγροτόπων Διεθνούς Σημασίας (Σύμβαση Ραμσάρ), γεγονός που επιβεβαιώνει την αξία τους για τα υδρόβια πτηνά.

Στην περιοχή έχουν παρατηρηθεί 5 παγκοσμίως απειλούμενα είδη (Αργυροπελεκάνος Pelecanus crispus, Νανόχηνα Anser erythropus, Κοκκινόχηνα Branta ruficollis, Βαλτόπαπια Aythya nyroca, Κεφαλούδι Oxyura leucocephala) και 7 κινδυνεύοντα σε ευρωπαϊκό επίπεδο. Σε εθνικό επίπεδο, 45 είδη περιλαμβάνονται στο "Κόκκινο Βιβλίο των Απειλούμενων Σπονδυλόζωων της Ελλάδας" από τα οποία 15 κινδυνεύουν με εξαφάνιση, 14 είναι τρωτά και 3 είναι σπάνια. 56 είδη περιλαμβάνονται στο Παράρτημα Ι της Οδηγίας 79/409/ΕΟΚ.