Η Σαμοθράκη αποτελεί ένα σπουδαίο τόπο στάσης για ξεκούραση και τροφή των μεταναστευτικών πτηνών, καθώς βρίσκεται κοντά στον ανατολικότερο μεταναστευτικό διάδρομο της Ευρώπης, τα στενά του Βόσπορου. Την άνοιξη και το φθινόπωρο το νησί προσφέρει ενδιαφέρουσες παρατηρήσεις ταξιδιάρικων πτηνών, όπως υδρόβια πτηνά που σταματούν στους μικρούς παραλιακούς υγρότοπους, ανάμεσά τους Χαλκόκοτες, Λευκοπελαργοί, Μαυροπελαργοί και διάφορα είδη παπιών. Επίσης, αρπακτικά πτηνά που φωλιάζουν βορειότερα, όπως ο Φιδαετός, ο Σταυραετός, το Μαυροκιρκίνεζο, ξεκουράζονται στις κορυφές των δένδρων ή στα ηλεκτρικά σύρματα. Μικρόπουλα κατεβαίνουν στους θαμνότοπους, εξαντλημένα από το μακρινό τους ταξίδι από το βορρά προς το νότο και αποτελούν πολλές φορές, εύκολη λεία των Μαυροπετριτών που φωλιάζουν στο νησί.

Σπάνια και προστατευόμενα είδη πτηνών είναι μόνιμοι φιλοξενούμενοι, προσδίδοντας με την παρουσία τους μια ιδιαίτερη αίγλη στο απομονωμένο νησί με μοναδικής ομορφιάς παρατηρήσεις. Ο Σπιζαετός γυροπετά με φόντο το επιβλητικό βουνό ψάχνοντας την τροφή του στα χωράφια και τους αραιούς θαμνώνες, ενώ η ξαφνική παρουσία της Αλκυόνης χρωματίζει τα δροσερά και καταπράσινα ρέματα. Θαλασσοκόρακες πετούν κοντά στην επιφάνεια της θάλασσας και συγκεντρώνονται σε μικρά βράχια σε ομάδες, πολλές φορές πάνω από 100 άτομα.

Η Σαμοθράκη δεν ανήκει σε κάποιο καθεστώς προστασίας , όμως έχει προταθεί στο δίκτυο των Σημαντικών Περιοχών για τα Πτηνά της Ελλάδας (ΣΠΠΕ) στο πρόγραμμα αναθεώρησης των ΣΠΠΕ της Ελληνικής Ορνιθολογικής Εταιρίας, 1996. Είδη, όπως ο Θαλασσοκόρακας, ο Σπιζαετός, ο Μαυροπετρίτης, αλλά και η χρήση της περιοχής ως μεταναστευτικού σταθμού για τα αποδημητικά πτηνά, αποτέλεσαν τα κριτήρια επιλογής της περιοχής ως ΣΠΠΕ.