Η ποιότητα του νερού της λίμνης έχει υποβαθμισθεί κατά τη διάρκεια των τελευταίων είκοσι ετών. Αυτό οφείλεται στο ότι υπάρχει πολύ μικρή δυνατότητα ανανέωσης και εμπλουτισμού των νερών, τόσο από τη μεριά της θάλασσας, όσο και από τη μεριά των τριών ποταμών. Οι δίαυλοι επικοινωνίας με τη θάλασσα είναι σχετικά μικροί, το βάθος της λίμνης μικρό, οπότε εμποδίζει την εύκολη κυκλοφορία, η παροχή των ποταμών είναι ακανόνιστη, ενώ επιπρόσθετα αυτοί αποθέτουν μεγάλες ποσότητες φερτών υλικών και επίσης μεταφέρουν αστικά και γεωργικά λύματα. Αξίζει να αναφερθεί ότι και οι τρεις ποταμοί, όπως επίσης και οι χείμαρροι, περνούν κοντά από σκουπιδότοπους, έτσι ώστε ειδικά σε περιόδους πλημμυρών, μεταφέρουν μέρος των απορριμμάτων στη λίμνη. Τα τελευταία χρόνια η μεταφορά αστικών και βιομηχανικών λυμάτων από τον ποταμό Κόσυνθο έχει περιορισθεί σημαντικά μετά τη λειτουργία μονάδων επεξεργασίας αποβλήτων στην πόλη της Ξάνθης και τις μεγάλες βιομηχανικές μονάδες της περιοχής.
Χαρακτηριστικό της υποβάθμισης της ποιότητας των νερών της λίμνης και της αδυναμίας ανακύκλωσης του νερού λόγω του μικρού βάθους, είναι η τακτική εμφάνιση του φαινομένου άνθησης του νερού. Το φαινόμενο αυτό είναι δείκτης του έντονου ευτροφισμού των νερών της λίμνης.
Ανοξικές καταστάσεις παρατηρούνται μία με δύο φορές το έτος, με ορατό αποτέλεσμα το μαζικό θάνατο ψαριών.
Η λίμνη είναι μολυσμένη από τον ιό της ερυθράς πανώλης των χελιών και της ερυθροδερματίτιδας των κυπρίνων.
Το Καλοκαίρι του 1982 μετρήθηκαν οι ακόλουθες χημικές παράμετροι στη λίμνη Βιστονίδα (Ouzounis & Sotiriou, 1987): pH 9.5 - 10, BOD 15, N/NH+4 1.5 - 3.5, P/PO3-4 0.2.
Από τον Κιλικίδη κ.α. (1984) δίδονται οι παρακάτω τιμές φυσικοχημικών παραμέτρων και ρυπαντών:
Παράμετροι |
Ακραίες τιμές |
Μέσες τιμές |
Θερμοκρασία οC |
7 - 27 |
18 |
pH |
6.5 - 8.5 |
7 |
Διαλυτό οξυγόνο (mg O2/lt) |
2.2 - 16.6 |
8.65 |
Αγωγιμότητα (microhmosh/cm) |
1000 - 11000 |
4866 |
Αλατότητα (mg/lt NaCl) |
500 - 6200 |
2585 |
Αλκαλικότητα (mg/lt CaCo3) |
110 - 180 |
133 |
Σκληρότητα (mg/lt CaCo3) |
200 - 430 |
265 |
CO2 (mg/lt) |
0 - 40 |
11.25 |
NO2 (mg/lt) |
0 - 0.396 |
0.05 |
NO3 (mg/lt) |
0 - 8.2 |
3.73 |
Ολικά - Φωσφορικά (mg/lt) |
0 - 2.4 |
1.6 |
Πυριτικά (mg/lt) |
5.2 - 12 |
7.98 |
Θειικά (mg/lt) |
70 - 480 |
199 |
BOD5 (mg 02/lt) |
0.6 - 7 |
4.57 |
COD (mg 02/lt) |
32 - 475.2 |
182.6 |
Θολερότητα (cm Secchi) |
20 - 100 |
43.2 |
NH3 (mg/lt) |
0 |
|
H2S (mg/lt) |
0 |
|
Απορρυπαντικά (mg/lt) |
0.01 - 1.18 |
0.27 |
Οργανοχλωριομένα παρασιτοκτόνα συνολικά (ppm) |
105 - 210 |
|
Pb (ppm) |
0 - 0.005 |
0.003 |
Cd (ppm) |
0.084 - 0.214 |
0.1095 |
Cu, Co, Mn, As (ppm) |
0.1 |
|
|