Η περιοχή δομείται από τεταρτογενείς χαλαρούς εδαφικούς σχηματισμούς με επικράτηση στην εδαφική μάζα της λεπτόκοκκης φάσης (ιλύες, άργιλοι και πηλός), εμφανίζουν δε κυμαινόμενο κατά θέσεις μικρό ποσοστό άμμων, ψηφίδων και χαλίκων. Τα τεταρτογενή αυτά ιζήματα παρουσιάζουν ασθενή συνεκτικότητα και χαμηλή έως μέτρια υδροπερατότητα. Στην Ανατολική και Νότια πλευρά της λίμνης, από Σάλπη έως Φανάρι, οι εμφανιζόμενοι εδαφικοί σχηματισμοί αποτελούνται από νεογενείς αποθέσεις και μολασσικά ιζήματα, κυρίως λεπτομερή. Οι σχηματισμοί αυτοί στο σύνολο τους θεωρούνται πρακτικά στεγανοί, ενώ αναμένονται μεμονωμένοι φακοειδείς υδροφόροι ορίζοντες στις αδρομερείς φάσεις του υλικού.