Στην Λίμνη Μητρικού έχουν παρατηρηθεί 208 είδη πουλιών, ανάμεσα στα οποία πολλά είναι απειλούμενα σε εθνικό ή διεθνές επίπεδο. Ο υγρότοπος περιλαμβάνεται στον κατάλογο των Υγροτόπων Διεθνούς Σημασίας (Σύμβαση Ραμσάρ), γεγονός που επιβεβαιώνει την αξία του για τα υδρόβια πτηνά.

Στην περιοχή έχουν παρατηρηθεί 6 παγκοσμίως απειλούμενα είδη (Αργυροπελεκάνος Pelecanus crispus, Νανόχηνα Anser erythropus, Βαλτόπαπια Aythya nyroca, Κεφαλούδι Oxyura leucocephala, Στικταετός Aquila clanga, Κιρκινέζι Falco naumanni) και 10 κινδυνεύοντα σε ευρωπαϊκό επίπεδο. Σε εθνικό επίπεδο, 56 είδη περιλαμβάνονται στο "Κόκκινο Βιβλίο των Απειλούμενων Σπονδυλόζωων της Ελλάδας", από τα οποία 18 κινδυνεύουν με εξαφάνιση, 17 είναι τρωτά και 4 είναι σπάνια. 66 είδη περιλαμβάνονται στο Παράρτημα Ι της Οδηγίας 79/409/ΕΟΚ.

Λόγω επεμβάσεων κατά τις πρόσφατες δεκαετίες η περιοχή έχει χάσει μέρος της ορνιθολογικής της αξίας. Εξακολουθεί όμως να αποτελεί έναν από τους σημαντικότερους υγρότοπους της Ελλάδας.