Το Δέλτα του Νέστου είναι Σημαντική Περιοχή για τα Πουλιά και παρακολουθείται από το σχετικό πρόγραμμα της Ελληνικής Ορνιθολογικής Εταιρείας.

Κάθε χρόνο τον Ιανουάριο διεξάγονται, όπως και στους σημαντικότερους υγρότοπους της Ελλάδας, οι Μεσοχειμωνιάτικες Καταμετρήσεις Υδροβίων που αποτελούν τμήμα διεθνούς προγράμματος του IWRB το οποίο στην Ελλάδα υλοποιούν η Ελληνική Ορνιθολογική Εταιρεία και η Ελληνική Εταιρεία Προστασίας της Φύσης σε συνεργασία με άλλες οργανώσεις.

Στην περιοχή διεξάγεται πρόγραμμα αναπαραγωγής σε αιχμαλωσία του άγριου Κολχικού Φασιανού Phasianus colchicus colchicus