Σήμερα ο ποταμός στην περιοχή του Δέλτα είναι ευθυγραμμισμένος και τα νερά του είναι σημαντικά περιορισμένα για τρεις λόγους: α./ τα τελευταία έτη κατακρατούνται σημαντικές ποσότητες νερού στη Βουλγαρία για άρδευση υδροβόρων καλλιεργειών, β./ κατακράτηση νερών για την πλήρωση του φράγματος Θησαυρού στο ορεινό τμήμα του νομού Δράμας, γ/ εντατική άρδευση των κάμπων Χρυσούπολης και Ξάνθης. Η κατασκευή των φραγμάτων στο νομό Δράμας έχει σαν αποτέλεσμα και την αύξηση των φερτών υλικών στο Δέλτα.

Η περιοχή του Δέλτα, παλαιότερα καλύπτονταν από πυκνά δάση, στο μεγαλύτερο μέρος της. Σήμερα, τα οικοσυστήματα του Δέλτα είναι θλιβερά υπολείμματα του παρελθόντος. Όλα έχουν σοβαρά περιορισθεί, ενώ το Παραποτάμιο Δάσος του Κοτζά - Ορμάν (Μεγάλο δάσος), άλλοτε κυρίαρχο χαρακτηριστικό όλης της περιοχής, κινδυνεύει να εξαφανισθεί. Η αποψίλωση της περιοχής έγινε τα μεταπολεμικά χρόνια για να δοθεί στη γεωργία.

Η μικρή κλίση της ξηράς στην περιοχή του Δέλτα έχει σαν αποτέλεσμα την είσοδο της θάλασσας και το σχηματισμό μικρών λιμνοθαλασσών με αυξομειούμενο ύψος υδάτων. Επίσης, κοντά στη θάλασσα σχηματίζονται αμμοθίνες, αλμυρόβαλτοι και αλίπεδα.

Σήμερα, τα οικοσυστήματα του Δέλτα είναι θλιβερά υπολείμματα του παρελθόντος. Όλα έχουν σοβαρά περιορισθεί, ενώ το Παραποτάμιο Δάσος του Κοτζά - Ορμάν, άλλοτε κυρίαρχο χαρακτηριστικό όλης της περιοχής, κινδυνεύει να εξαφανισθεί. Κύριες αιτίες για τη σημερινή κατάσταση είναι η επέκταση των αγρών, ο περιορισμός των υδάτων του ποταμού, η ευθυγράμμιση του ποταμού στην περιοχή του Δέλτα, το προκλητικά ανεξέλεγκτο κυνήγι, η αμμοληψία μέσα στην κοίτη (ζώνη Α), η σκανδαλώδης λαθροϋλοτομία και η μετατροπή ορισμένων τοποθεσιών σε περιοχές απόρριψης απορριμμάτων από τα γύρω χωριά. Άγνωστες είναι οι συνέπειες της ρύπανσης από χημικές ουσίες που χρησιμοποιούνται στη γεωργία (εντομοκτόνα, παρασιτοκτόνα, λιπάσματα, αποφυλλωτικά, αυξητικοί παράγοντες, κλπ.) και οι οποίες πρέπει να είναι μεγάλες, με δεδομένο ότι στην κοιλάδα του Νέστου, καθώς και στην περιοχή του Δέλτα, ασκείται γεωργία εντατικής μορφής.